この話は現状がまずあってそれを対処療法的にどうすればよいのかという考え方で書いている（関係モデルを前提にしている）ので、その点では確かに違和感を覚えたと思います。

自分で最適なデータ構造を定義すればよいのは確かですが、それだと汎用性がないですからRDBを使ったソフトウェアが利用できなくなります。だから、現状を前提にして現状がもっと楽になるにはO/Rマッパがいいのかなと書いたのですが、答えになっているでしょうか。